1、采集方法：通常采用静脉抽血，使用无菌采血管，可以选择含有或不含有抗凝剂的管子，视后续处理和分析需求而定。样本量：通常需要1-2 mL血液。血液样本处理：离心：将血液样本在4°C下进行离心（例如，3000 g，10分钟），以分离血浆或血清。
2、基于超高效液相色谱-质谱联用技术的非靶向代谢组学分析流程一般包括： 样品的收集和预处理、代谢物提取、LC-MS全扫描检测、数据预处理、统计分析及差异物结构鉴定。 其中第一步，样品的收集和重复设置尤为重要，直接关系到实验结果以及数据分析。
3、例如，在匹配样本设计中，单个血液样本可以分成两份，其中一份在代谢平台上分析，另一份在转录平台上分析。然而，匹配样本设计可以基于同一生物样本小份体液，但也可以不一定要基于，例如在同一时间点从同一个人采集的血液样本和另一组织活检样本，即匹配。 预处理。
4、数据预处理：峰匹配和归一化：对以上结构鉴定得到的数据进行预处理，包括峰匹配、归一化处理，确保数据质量适合进行PCA分析。主成分分析（PCA）：数据导入：将处理后的代谢物数据导入统计软件或专用的生物信息学工具。
5、百趣生物 成立时间：2012（最早是阿趣生物）地点：上海 市场份额：14 公司人数：约300人 公司介绍：国内最早专门从事代谢组学科研服务的公司之一，主打非靶标代谢组学检测分析服务，其优势是数据质量，据说能做到美国metabolon的水平，CV10%。
6、质谱（MS）是临床检测生物大分子的有效方法。近年来质谱技术的进步有力地推动了蛋白质组学和代谢组学的研究，使临床将蛋白组学和代谢组学引入疾病的早期诊断成为现实。
使用 p.valcalc 函数进行差异分析，使用robust vesion的t-test获取p值，公式可以查看函数源码，用到了 weightedVar加权方差 。
如下图，火山图体现出一组数据（Test/Con）之间的差异幅度和统计学意义分布。X轴代表log2（FC）；Y轴代表-log10（q value），灰色代表无差异基因，红色代表上调基因，绿色代表下调基因。X轴的取值可以是FC，也可以是log2处理后的值。
代谢物提取，一般要求每组至少10个样； 在所有提取好的样本中取等量混合作为QC； QC样本与实验样本穿插上机，开始十个QC，结尾三个QC，中间每十个样本穿插一个QC样本 。得到质谱谱图数据经软件处理后得到峰表。
代谢物提取，一般要求每组至少10个样；在所有提取好的样本中取等量混合作为QC；QC样本与实验样本穿插上机，开始十个QC，结尾三个QC，中间每十个样本穿插一个QC样本。这里我们采用基于秩的检验方法，其中基因集富集分析（GSEA）是在转录组数据背景下进行代谢路径分析的一个常见例子，它也可以应用于代谢组数据。
在中心法则的指导下，基因组、转录组、蛋白组通常以 信息流 的方式呈现，而代谢组被认为是新陈代谢的结果。
空间共定位分析是一种代谢物的空间相关性分析，选择一种目标代谢物后，进行空间相关性计算，输出与目标代谢物空间表达趋势一致的代谢物List，可以帮助开展对该区域中代谢物表达模式和代谢网络的分析工作。
