基因组学与转录组学研究中，FFPE样本通过贝克曼库尔特的FormaPure XL FFPE样本核酸提取试剂盒，有效克服核酸质量不佳的问题，确保后续基因组/转录组分析的可行性。IDT的xGen文库制备试剂盒优化了FFPE样本的基因组/转录组表达谱分析流程。
FFPE样本在多组学研究中的应用，不仅扩展了生物信息的提取范围，还通过先进的技术手段克服了样本处理过程中的挑战，为病理学研究、临床诊断与药物开发提供了有力支持。
伯豪生物的FFPE样本空间转录组测序解决方案基于Visium CytAssist系统，能够直接将FFPE组织切片上的转录组信息转移到Visium建库芯片上，实现高效的空间组学分析。
FFPE样本的产生源于对组织完整性的保护，通过固定和石蜡包埋，保持样本长期储存。制备过程包括固定、脱水、包埋和切片，以供后续分析。然而，固定步骤对DNA和RNA等分子产生了负面影响，如DNA片段化、蛋白与核酸交联，这曾是FFPE样本在组学研究中的挑战。
有几种方法可以选择：新鲜冷冻（FF）、福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）和OCT包埋。FF与FFPE相比可检测到更多的蛋白质，但现有的FFPE已经储存了几年甚至十几年，是临床随访等回顾性研究的重要样品来源。
单细胞技术与多组学技术的融合为植物研究带来了新的机遇。然而，植物空间生物学面临组织切片转移、细胞边界识别及含水量高的薄壁细胞组织冷冻切片易破碎等问题，文章提出了高压冷冻技术（HPF）和使用甲醛固定石蜡包埋组织标本（FFPE）等潜在解决方案。
1、这里我们采用基于秩的检验方法，其中基因集富集分析（GSEA）是在转录组数据背景下进行代谢路径分析的一个常见例子，它也可以应用于代谢组数据。使用GSEA或OR分析的途径分析也可以通过结合代谢组学和转录组学数据来进行，好处是从这两种数据类型中收集信息以确定代谢途径富集程度。
2、在现代医学领域，代谢组学与血清药物化学的整合为中药疗效的科学评价提供了有效手段。通过将中医的证候与方剂研究相结合，王喜军团队开发出一种创新策略，借助代谢组学揭示证候生物标志物，利用中药血清药物化学（SPT）发掘药物活性形式，这为评估中药疗效和发现潜在药效物质开辟了新途径。
3、代谢组学是一种研究生物体内代谢物变化的科学。代谢组学主要关注生物体系在特定条件下，如疾病、药物干预、环境刺激等，其代谢产物的组成和变化。它是系统生物学的一个重要组成部分，与基因组学、蛋白质组学等学科相互补充，共同揭示生命活动的内在规律。
4、通过将这两者结合，可以迅速定位关键的代谢通路，解析科学现象背后的分子机制，从物种、基因和代谢产物层面解读疾病进程和体内物质代谢路径。代谢组学研究对象通常包括小分子物质，如有机酸、氨基酸、核苷酸等，非靶向代谢组无偏见地检测所有代谢物，而靶向代谢组则针对特定目标定量分析，如短链脂肪酸和氨基酸。
使用OmicCircos包，您可以轻松地将多组学数据可视化为具有视觉吸引力的Circos图，揭示基因组中不同基因的关联性。通过以上步骤和示例图的展示，您应该能够掌握如何构建和定制Circos图，以便更好地分析和理解您的多组学数据。
1、在生信研究中寻求突破？单基因分析的新组合——多组学分析与数字图像分析，为您的研究带来8分+的高分可能。这个创新思路不仅结合了TCGA、GEO等公共数据库，还借助数字图像分析来深入理解目标基因CD93在胃腺癌中的实际表现及其预后和免疫治疗潜力。
2、研究亮点包括：构建了基于成纤维细胞相关基因指数（FRGI），识别出新型的CD8+T细胞-成纤维细胞亚型，并通过这些特征对BLCA患者进行精准分层。研究发现，CAFs通过影响CD8+ T细胞，形成四种新亚型，这些亚型不仅能有效预测预后，还为个性化治疗策略提供了新思路。
3、为了重建组织形态学模式的克隆进化，本研究对27个原发性肿瘤区域，7个匹配的正常组织和7个ADC病例的6个淋巴结转移进行了整体DNA甲基化分析。结果表明，表观基因组特征的广泛变化有助于原发性ADC和淋巴结转移的分子和表型异质性。
4、就像这篇是总结了对单细胞数据进行通路评分的各种算法，并使用已经发表的数据对各类算法的优缺点进行了比较，并在最后给出了自己的见解。嗯，怎么说呢！还是比一般的综述好写一点，比纯算法开发类文章好开发一些。
5、单基因免疫浸润生信分析在研究中常被视为一项挑战，主要因为通过挖掘公共数据库发现具有强大功能的单基因往往较为困难。其原因有两个：一方面，多数分析趋向于与已发表大型研究保持一致，缺乏创新性；另一方面，单基因分析的复杂度和所需数据量使得直接挖掘新基因变得不切实际。
